Como o CPF não é um campo obrigatório no formulário do aluno e as escolas nem sempre fazem uma pesquisa prévia para verificar se o aluno já está inserido no sistema, por vezes vemos cadastros duplicados no sistema. 

O ideal é que, no momento da matrícula, a escola clique na opção '[+] Matricular um novo aluno', somente se não localizar o aluno.
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No entanto, caso haja cadastros duplicados porque os usuários não seguiram as recomendações anteriores, é possível fazer a unificação. Acesse 'Secretaria :: Alunos' e clique em 'Unificar alunos'.

O sistema exibirá pra você uma tela com todos os possíveis cadastros duplicados. Marque aqueles que serão mantidos, quais serão unificados e removidos e quais não se deve fazer nada.

Após finalizar as verificações, clique em 'Conferi as informações e desejo prosseguir' e depois em 'Continuar e unificar cadastros'.

Esse recurso não traz todos os possíveis registros duplicados de uma única vez. Talvez seja necessário unificar os que estão sendo exibidos, para que o sistema possa exibir outros cadastros duplicados ao reiniciar o processo.